22 Luglio 1999: conseguito il diploma di Laurea in seguito al
completamento con successo di 30 esami - relativi alle
materie studiate nei 5 anni di corso all'Universita'
di Verona - e stesura & esposizione di una tesi relativa ai 20 mesi
di ricerca nell'area bioinformatica presso il laboratorio di NMR
e Simulazione molecolare facente capo alla prof.ssa Henriette
Molinari.
La tesi puo' qui essere scaricata o esaminata online.
L'uso del materiale
ivi contenuto e' libero ed incoraggiato solo a fini di ricerca. Il giusto
riconoscimento verra' ovviamente gradito.
La tesi di ricerca e' incentrata sulla modellistica molecolare delle
proteine antenna del fotosistema II, basata su informazioni provenienti
dalle sequenze proteiche disponibili per la famiglia Lhcb, sui risultati
degli esperimenti di mutagenesi sito-specifica e dalla struttura
cristallografica parziale (ottenuta ad una risoluzione di 3.4 Å) [Kühlbrandt
et al. 1994, Nature 367: 614-621].
LHC-II e' una proteina transmembrana, inserita nelle membrane tilacoidali
dei cloroplasti di piante superiori, e coordina la metà dei pigmenti coinvolti nella fotosintesi delle piante.
Una plausibile collocazione per le catene laterali degli amino acidi e'
qui presentata e sono state formulate ipotesi per la configurazione degli
aminoacidi carichi - possibilmente coinvolti in ponti salini - grazie
all'uso di algoritmi e metodi di bioinformatica, chimica computazionale
e meccanica statistica, alcuni dei quali sviluppati personalmente.
Sono state eseguite simulazioni molecolari (minimizzazioni e simulated
annealing) e analisi di sequenza (allineamenti multipli, misure di covarianza),
sviluppando nuovi strumenti ed adattando algoritmi e protocolli esistenti.
Le analisi che in questa tesi confluiscono nei modelli per la
proteina LHC II, e per le antenne minori a lei omologhe, rivelano
la possibilità che una diversa organizzazione di alcuni aminoacidi
chiave nel mantenimento della struttura sia alla base delle
differenze funzionali tra tali proteine. Una diversa conformazione
spaziale nonostante l'alta omologia di sequenza tra queste proteine
antenna.